В целях повышения эффективности научно-исследовательских работ, концентрации усилий коллектива университета на решении важнейших задач научно-технического обеспечения агропромышленного комплекса в 2008 году было организовано управление организации научных исследований и подготовки научно-педагогических кадров.

Основными задачами управления организации научных исследований и подготовки научно-педагогических кадров являются:

•  проведение фундаментальных и прикладных исследований по государственным программам и заказам в области сельского хозяйства;
•  участие в разработке важнейших научных проблем, связанных с развитием и совершенствованием высшего заочного образования в РФ;
•  внедрение результатов научных исследований и разработок в отраслях АПК;
•   содействие подготовке научных кадров и повышению научной квалификации профессорско-преподавательского состава и сотрудников научных подразделений.

Основными видами деятельности управления организации научных исследований и подготовки научно-педагогических кадров являются госбюджетные, хоздоговорные научно-исследовательские работы, в том числе по договорам подряда с временными (творческими) коллективами университета и по договорам о творческом сотрудничестве.

Научные исследования проводятся по тематическому плану научно-исследовательских работ на всех факультетах университета и в Институте коммерции, менеджмента и инновационных технологий (ИКМИТ) по 49 кафедральным темам, финансирование которых проводится за счет бюджетного финансирования основной деятельности вуза и 23 договорам с различными министерствами, ведомствами и предприятиями. В исследованиях принимают участие 51 доктор наук, 191 кандидат наук, докторанты, аспиранты и студенты.

Основные направления включают разработку высокоэффективных технологий в растениеводстве, животноводстве, механизации, электрификации, информатике, экологии сельскохозяйственного производства, совершенствование организации бухгалтерского учёта и финансовой отчётности и управления производством в период рыночных отношений.